Férreo en su lucha contra la corrupción, el candidato presidencial Fernando Villavicencio presentó denuncias de irregularidades en contratos estatales hasta días antes de ser asesinado a tiros en la capital de Ecuador, tras participar en mitin político.
Una de sus investigaciones periodísticas llevó al banquillo al expresidente Rafael Correa (2007-2017). El reporte realizado junto a su colega y amigo Christian Zurita destapó una trama de coimas que puso contra las cuerdas al exmandatario y a funcionarios de su gobierno por haber recibido sobornos de parte de empresarios.
Por ese caso, Correa, quien está refugiado en Bélgica y al que Villavicencio se refería como «el prófugo», fue condenado en ausencia a ocho años de cárcel.
Sus investigaciones le valieron sendas órdenes de prisión. En 2014 la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) le concedió medidas cautelares tras ser sentenciado a 18 meses de cárcel por injuriar a Correa. En esa ocasión, se ocultó en la selva amazónica para evitar cumplir la condena.
Dos años después, un juez ordenó su encarcelamiento por supuestamente revelar información reservada con correos electrónicos hackeados a la administración de Correa para sustentar investigaciones sobre corrupción en negocios petroleros.
Entonces, se refugió en Lima hasta 2017 cuando regresó al país bajo el gobierno del Lenín Moreno (2017-2021), distanciado de Correa.